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Crop Bioinformatics
Die Professur Crop Bioinformatics am Institut für Nutzpflanzenwissenschaften und Ressourcenschutz der landwirtschaftlichen Fakultät der Universität Bonn beschäftigt sich mit der bioinformatischen Analyse von Nutzpflanzengenomen. Insbesondere werden Methoden zur Proteinfunktionsvorhersage entwickelt.
Crop Bioinformatics (CBi)
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- (Vergleichende) Genomanalyse und Tomatengenomprojekt
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Proteinfunktionsvorhersage mit phylogenomischen Methoden
- Datenintegration und Wissensrepräsentation in verteilten, service-orientierten Netzwerken
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- Im Rahmen des Tomaten-Genomprojects
wird sich die Arbeitsgruppe an der Erstauswertung von neuen
Genomsequenzen (Genvorhersage, Annotation) in internationalen Konsortien
beteiligen, indem sie automatisierte Auswertungsprozeduren
implementiert und berechnet. Anschließend ist die wissenschaftliche
Auswertung im Vergleich mit anderen Genomen geplant. Eine enge
Verbindung zu (1), Datenintegration und Wissensrepräsentation, ergibt
sich durch die geplante Entwicklung einer Phänotypdatenbank sowie der
Vernetzung der einzelnen Projektdatenbanken.
 
- Um die Funktionen von neuen Proteinsequenzen vorherzusagen, beispielsweise im Rahmen von Genomprojekten wie Medicago truncatula oder Tomate, wurde ein Bioinformatikworkflow Phylofun
implementiert, der phylogenetische Bäume berechnet und diese als
Topologie eines Bayes'sches Netzwerkes verwendet, um bekannte Funktionen
auf unbekannte Proteine zu übertragen. Ergebnisse der
Funktionsvorhersagen sind in der AFAWE Datenbank abrufbar.
- In der Professur Crop Bioinformatics wird die Forschung
und Entwicklung von Technologien zur Vernetzung und Integration
molekularbiologischer Daten und Ressourcen weiter vertieft. Prof. Dr. Heiko Schoof war hier im
Rahmen der EU-Projekte "PlaNet" und EUSOL und des internationalen biomoby-Projekts bereits
an der Grundlagenforschung maßgeblich beteiligt. Ziel ist es, für
Data-Mining-Projekte, die aus Kooperationen innerhalb des MPIZ
entstehen, flexible und schnelle Lösungen zu entwickeln. Um dies zu
erreichen hat sich unsere Gruppe verschiedene Schwerpunkte gesetzt. Dazu
gehört zum einen die Weiterentwicklung der Technologie der Webservices.
Dies ist eine relativ neue Internettechnologie, die es verschiedenen
Datenbank- und Berechnungsservern erlaubt, direkt und automatisierbar
miteinander zu kommunizieren. Der Nutzer kann seine Suche über ein
einziges Suchportal verfolgen, welches die stets aktuelle Information
von verschiedenen Datenbanken über Web Services abruft. Über Web
Services können darüber hinaus Analysen zusammengestellt und automatisch
eine bestimmte Abfolge von Schritten für eine beliebige Anzahl an
Eingabedaten ausgeführt werden. Mit dem Programm
Taverna (http://taverna.sf.net) können Hunderte von Web Services zu
Abläufen kombiniert werden. Parallel dazu bauen wir Daten- und
Berechnungsservices innerhalb der vernetzten Plattform auf und
entwickeln Anwendersoftware zur bioinformatischen Analyse. Die
Weiterentwicklung von standardisierten Datenmodellen und -formaten und
die Nutzung von semantic web-Technologien
zur semantischen Beschreibung biologischen Wissens in elektronisch
verarbeitbarer Form runden als weitere Schwerpunkte unsere Arbeit in
diesem Zusammenhang ab.
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